منذ بداية العام 2009 ينقسم
تنفيذ المشاريع التي يشرف عليها ديوان أوقاف المسيحيين والديانات الاخرى
حسب المديريات العاملة في الديوان ويتبع كل قسم منها الى مديريته.
حيث كان في السابق يتم
تنفيذ الاعمال والمشاريع تحت اشراف القسم الهندسي في الديوان. والآن
يقوم القسم الهندسي باعداد التصاميم والكلف التخمينية ودراسة الطلبات
المقدمة من قبل الجهات المستفيدة من المشاريع..